Em 1673, as bandeiras de Piratininga e Taubaté foram as primeiras a atravessar a mata da Serra da Mantiqueira e chegar ao território de Pouso Alto em busca de ouro. No local, encontraram uma comunidade de índios Goitacazes às margens do rio que até hoje corta a cidade. Dois anos depois, em 1675, João dos Reis Cabral fundou oficialmente Pouso Alto ao receber a sesmaria das Terras Altas.
A consolidação do município ocorreu ao longo dos séculos seguintes. Em 1874, Pouso Alto foi elevada à categoria de município e, quatro anos depois, tornou-se Comarca, fortalecendo sua importância regional.
Entre os marcos históricos da cidade destaca-se a Igreja Matriz de Nossa Senhora da Conceição, construída em 1752 sobre o local de uma antiga capela. A história do município também se conecta ao morro onde hoje se encontra o tradicional Hotel Serra Verde, ponto que simboliza a ocupação e o desenvolvimento da região.